1992年全国人民代表大会批准兴建长江三峡工程；1994年12月三峡工程正式开工；1997年11月三峡工程实现大江截流。这是黄万里教授去世之前发生的事情。
2003年6月三峡水库开始蓄水，之后三峡船闸试运行，三峡第一台发电机组投入运行；2006年5月20日三峡大坝全部完工。这是黄万里教授去世之后发生的事情。
第一：三峡大坝蓄水之后，清水下泄，造成大坝下游长江干堤发生严重崩岸。
2004年冬，荆江长江干堤发生多处崩岸。2006年春传来岳阳长江干堤发生严重崩岸的消息，湖南省水利厅负责人紧急赴京向水利部和国家防总汇报险情。一千多年来，长江干堤保护着中下游人民的生命财产安全。
1998年长江洪水后中央政府动用几千亿国债加固长江干堤，1991年联合国又资助长江干堤维修。三峡大坝蓄水后发生的长江干堤崩岸问题和黄河三门峡工程建成后的情况十分相似。
1962年黄河三门峡水库下泄清水导致黄河大堤溃塌，中央为此召开中央工作会议加以讨论，决定改变工程运行方式，并开始改造。
黄万里教授用“清水顶冲长告急”来说明问题的严重性。长江干堤长告急，社会就不得安定，穿着新衣的皇帝也无法睡个安稳觉。
第二：三峡水库蓄水后，三峡大坝阻碍长江航运的畅通。三峡工程根本不能使万吨轮船直达重庆，最多只能使万吨船队在一年中的五、六个月的时间内直达重庆。万吨船队只不过是将四艘或者六艘驳船捆绑在一起而已。三峡水库蓄水后，三峡两线五级船闸的通过能力马上得到饱和，运行的实践证明，三峡两线五级船闸的单向通过能力不可能达到每年五千万吨，最多只能保证单向通过能力每年三千万吨左右。目前长江货运需要用机械翻坝来协助完成。原计划在1997年完工的升船机至今未见踪影，客轮过船闸的平均时间为七小时，乘客难以接受，造成长江客运和三峡旅游事业的萎缩。
第三：三峡工程开工以来，三峡库区一直是中国社会最不稳定的地区。三峡工程移民对安置工作不满，每年信访的次数高达八万多件次，连年持续不减。三峡工程的所谓开发性移民措施，不但没有使百万移民致富，而是使绝大多数移民陷入赤贫状态。
负责三峡工程移民信访的官员将移民生活用“三低”和“三无”来描述：收入低于搬迁前的水平；低于安置地当地农民的水平；家庭生活水平处于当地贫困线之下以及无田种，无工做，无出路。三峡工程移民问题是中国社会的一颗炸弹，随时可能爆炸。
第四：到2006年年初，上报批准的三峡工程移民113万人已经安置完毕，批准的400亿元人民币移民安置费已经全部用完，但是还有数十万居民要搬迁安置。由于前期移民安置存在问题多，造成未来移民安置工作的进展更加困难。特别是，三峡水库蓄水后的实践证明，三峡水库的水面不是一个平面，而是有坡度的斜面。根据已经发表的数据，水力坡度为万分之零点五。按照目前水库泥沙砾石淤积发展的情况来看，未来的水力坡度将超过泥沙组预测的万分之零点七（每一百公里七米高的水位差）。如此发展下去，许多新建的移民城镇要被淹没，就是重庆部分市区也要被淹没，包括朝天门码头，包括许多新建筑。
第五：所谓的排浑蓄清措施无法解决水库的淤积问题。虽然中央政府为了防止砾卵石淤积问题的出现，在嘉陵江和金沙江上建造了和正在建造多座大坝，阻挡砾卵石和泥沙进入三峡水库，但这根本不是解决问题的办法，最多只是把问题在时间轴上作个推移，把更严重的问题留给子孙。
三峡水库蓄水之后，有约百分之八十的泥沙淤积在水库中，而且主要是淤积在水库的尾部。由于水土流失进入水库的红土微粒，黏性强，和粗沙、砾卵石、掺杂在一起，组成坚硬沉积层，和黄河中的细沙的特性有很大差别，排浑蓄清措施对这样的沉积层根本没有办法。重庆港口的衰落是不可避免的，重庆市已经做出计划，将重庆港上迁到寸滩和下移到万洲。
第六：三峡蓄水之后，水流变缓，河流的自净能力大减，三峡水库水质明显变坏，特别是过去水质好的支流河段，水质恶化问题更加严重。三峡工程论证时，三峡河段的水质是全中国最好的，大部分河段属于二类水。虽然现在三峡河段的水质为三类水，但是由于这期间水质指标的更改，现在的三类水只是当年的四类水。由于三峡水库水质问题，三峡库区的各市、区、县都不准备把三峡水库作为生活饮用水源，而要另辟水源。可见三峡水库水质问题之严重。
第七：三峡工程的电并没有照亮半个中国，目前三峡工程的发电量不足全国发电量的百分之三。三峡工程也没有为老百姓、特别是被涉及的居民提供“廉价”的电力。老百姓承担经济改革的成本，经济改革所创造的经济利益却流入利益集团的口袋，三峡工程则是最好的实例。
第八：三峡工程能达到工程效益的条件之一是未来的气象变化是可知的。三峡水库运行三年的实践证明，现在的科学水平和预测技术都无法保证气象预报（包括长期、中期和短期）的准确。2004年秋三峡水库调度出现错误，为了保证发电机能够正常运行，在洪水期间抬高蓄水位，加重上游、特别是开县、万州的洪水灾害。同样，2006年夏天三峡水库调度再次出现错误，虽然重庆库区已经出现旱灾的迹象，三峡水库仍大规模“泄洪”，造成水库水位不足，加重重庆旱灾的程度。
第九：三峡水库蓄水之后，三峡地区仪器可测到的地震次数明显增加。虽然到现在为止还没有发生破坏性的地震，但是地震专家认为有可能发生六级或六点五级地震。
但是三峡库区的建筑，特别是三峡工程开工之后的新建的民居建筑物都没有抗震设计，一旦发生六级或六点五级地震，一场地质大灾难不可避免。三峡工程可行性论证报告说，三峡库区的滑坡地带一共一百五十余处，三峡水库蓄水至海拔135米后，三峡库区的滑坡地带上升到一千五百余处，是论证报告的十倍。受水库波浪的淘蚀，白帝城所在的山体有可能会坍塌下来的危险，现在白帝城海拔130～180米处加砌水泥围墙，以防万一。但是这水泥腰箍破坏了白帝城的自然和人文景观。
第十：三峡水库正造成血吸虫病的蔓延，从高发病的湖南、湖北向原没有血吸虫病的重庆、四川发展。三峡库区已经发现血吸虫病患者。
第十一：三峡工程对生态环境的负面影响远超出论证报告所估计的范围和强度。根据台湾的研究报告表明，三峡水库蓄水后，对台湾的东海渔业资源产生不利影响。而国内根本不让进行这方面的研究。
第十二：按照目前的设计，三峡工程根本无法让北京喝到长江的水。要想让北京喝到三峡水库的水，还需要加高三峡大坝，或者新建泵站和隧道、新挖运河，其造价相当于再造一个三峡工程。
三峡水库蓄水三年的实践表明，黄万里教授当初所指出的问题，现在正一个个地浮现出来。但是，随着三峡水库蓄水位的继续升高和时间的持续，三峡工程问题会越来越严重，也越来越透明。
比如三峡大坝阻碍长江航运的问题，从今年秋天起的两年内，两线五级船闸将分别进行改建，届时长江航运将处在半中断的状态，改造之后的船闸通航能力不会改善加大。
又比如水库淤积，淹没扩大问题，只会越来越严重，无法改善。保持原定的蓄水位不变，必须放弃重庆部分市区，迫使那里的居民迁移。又比如地质灾害问题，最可怕的灾害将发生在暴雨、洪水、地震、滑坡同时出现之时。
要想掩盖问题将不再可能。至于最后的出路，黄万里教授已经指明：三峡大坝若修建，终将被迫炸掉。